Participación Ciudadana cuenta con 5 instancias básicas: Asamblea General, Consejo Nacional, Comité Coordinador, Comités Municipales y Comisiones y Comités de Trabajo.

La Asamblea General delega en un Consejo Nacional de 12 miembros y éste escoge de su seno un Comité Coordinador de 7 miembros (artículos 13 y 17) para la dirección efectiva de la institución.